Uluslararası Balkan Üniversitesi diş hekimliği fakültesi ve diğer bölümler için, yıllık ücretler, üniversite yönetimi tarafından belirleniyor. Diş hekimliği 5 yıl sürüyor ve 300 AKTS ile yıllık öğrenim ücreti olarak 6000 Euro ödeniyor.
Yüksek lisans ve doktora bölümlerinde yıllık ücretler, balkan.edu.tr/ücretler linkinden rahatlıkla öğrenilebiliyor. Öğrenciler ödemelerini hello.ibu.edu.mk/pay adresi üzerinden, online olarak gerçekleştirebiliyor.